日本地球化学会は，会員すべてのみなさんに支えられています。予算・決算をはじめ会則の改定等の重要な事項は，「総会」によって承認されます。具体的な運営に関する決定は「理事会」によりなされます。その理事会の運営をスムーズに行うために「幹事会」が構成されています。また，別に「各種委員会」も設置し，特別な議題（受賞者決定等）について理事会に提案する仕組みとなっています。
日本地球化学会の運営に対する御意見等は，問い合わせフォームにてお知らせください
2025年9月18日総会の承認以降，2027年総会までの2年間は，以下の組織図のとおりです。
過去の役員はこちらからご覧ください。
| 理事会 |
|---|
| 飯塚 毅 |
| 飯塚 理子 |
| 板井 啓明 |
| 井上 麻夕里 |
| 大野 剛 |
| 岡崎 隆司 |
| 小川 奈々子 |
| 癸生川 陽子 |
| 小木曽 哲 |
| 白井 厚太朗 |
| 高野 祥太朗 |
| 高橋 嘉夫 |
| 橘 省吾 |
| 角皆 潤 |
| 豊田 栄 |
| 橋口 未奈子 |
| 羽場 麻希子 |
| 原田 尚美 |
| 平野 直人 |
| 堀 真子 |
| 堀川 恵司 |
| 山口 瑛子 |
| 横山 哲也 |
| JpGUプログラム委員 |
|---|
| 安藤 卓人 |
| 橋口 未奈子 |
| 鹿児島 渉悟 |
| 役員（幹事会） |
|---|
| 会長 | 横山 哲也 |
| 副会長 | 原田 尚美 |
| 副会長 | 高橋 嘉夫 |
| 庶務幹事 | 羽場 麻希子 |
| 総務幹事 | 癸生川 陽子 |
| 会計幹事 | 豊田 栄 |
| 企画幹事 | 白井 厚太朗 |
| 会員幹事 | 大野 剛 |
| 広報幹事 | 飯塚 理子 |
| 国際幹事 | 橘 省吾 |
| 出版幹事 | 小川 奈々子 |
| 地球化学編集委員長 | 田中 万也（１月から角皆 潤） |
| Geochemical Journal編集委員長 | 鈴木 勝彦（１月から高橋 嘉夫） |
| 庶務委員会 |
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| 委員長 羽場 麻希子 |
| 癸生川 陽子 |
| 豊田 栄 |
| 山口 瑛子 |
| 板井 啓明 |
| 広報委員会 |
|---|
| 委員長 飯塚 理子 |
| 堀 真子 |
| 橋口 未奈子 |
| 小木曽 哲 |
| 平野 直人 |
| 井上 麻夕里 |
| 国際対応委員会 |
|---|
| 委員長 橘 省吾 |
| 副委員長 上野 雄一郎 |
| 横山 哲也 |
| 将来計画委員会 |
|---|
| 委員長 原田 尚美 |
| 堀川 恵司 |
| 横山 哲也 |
| 長島 佳菜 |
| 仁木 創太 |
| 日比谷 由紀 |
| 企画委員会 |
|---|
| 委員長 白井 厚太朗 |
| 岡崎 隆司 |
| 高野 祥太朗 |
| 鏡味 沙耶 |
| 浅沼 尚 |
| 鈴村 明政 |
